Dans une nouvelle vidéo, le Dr Tony Hampton présente une petite étude humaine publiée en mars 2026 qui m’intéresse beaucoup, parce qu’elle s’attaque enfin à une affirmation qu’on entend constamment :
« Si vous mangez carnivore et que vous ne mangez plus de fibres, vous allez détruire votre microbiote intestinal. »
Les chercheurs ont étudié 10 adultes en bonne santé qui mangeaient carnivore depuis environ 3 ans en moyenne, certains depuis presque 5 ans.
Ils ont comparé leurs bactéries intestinales à celles de 874 personnes omnivores.
Première chose importante :
10 personnes, c’est TRÈS petit.
Ce n’est pas une étude randomisée et elle ne peut pas démontrer que l’alimentation carnivore est bonne ou mauvaise pour l’intestin.
Mais pour la première fois, on commence à regarder ce qui se passe réellement dans le microbiote de personnes qui mangent de cette façon depuis des années.
https://doi.org/10.1530/MAH-25-0015?utm_source=chatgpt.com
🦠 Première surprise : le microbiote ne s’était pas « effondré »
Le microbiote intestinal, c’est simplement l’ensemble des bactéries et autres microorganismes qui vivent dans notre intestin.
Si l’absence de fibres détruisait automatiquement cet écosystème, on pourrait s’attendre à trouver beaucoup moins de types de bactéries chez les carnivores.
Ce n’est pas ce que les chercheurs ont observé.
Les mesures habituelles de diversité n’étaient pas significativement plus faibles.
Et une mesure estimant simplement combien de types différents de bactéries sont présents était même plus élevée chez les carnivores.
Mais attention :
plus de diversité ne signifie pas automatiquement meilleure santé.
Comme le dit Hampton :
une forêt tropicale est très diversifiée… mais un tas de compost aussi. 😆
Ce qui compte vraiment, ce n’est pas seulement :
« Combien de bactéries avez-vous? »
C’est surtout :
« Qu’est–ce que ces bactéries font? »
Et c’est là que l’étude devient beaucoup plus intéressante.
🥩 LE MICROBIOTE N’AVAIT PAS DISPARU : IL AVAIT CHANGÉ DE JOB
Les bactéries retrouvées chez les carnivores étaient clairement différentes de celles des omnivores.
Les chercheurs ont identifié des différences dans plus de 300 fonctions métaboliques potentielles.
Dit simplement :
les bactéries semblaient équipées pour faire des tâches différentes.
Elles semblaient notamment davantage adaptées à :
• utiliser les protéines et les acides aminés;
• produire certaines vitamines B;
• gérer différents carburants;
• fermenter des protéines;
• traiter moins de glucides végétaux;
• participer différemment aux fonctions reliées à la barrière intestinale.
Mais il y a une nuance importante.
Les chercheurs n’ont pas directement regardé chaque bactérie travailler.
Ils ont identifié les bactéries grâce à une sorte de code–barres génétique, puis un logiciel a estimé ce que ces bactéries sont normalement capables de fabriquer.
Donc :
ces fonctions sont PRÉDITES, pas directement mesurées.
C’est important, parce que l’étude rapporte aussi certaines fonctions prédites associées à l’inflammation, à la toxicité cellulaire et à la constipation.
Ça ne signifie pas que ces 10 personnes avaient un intestin inflammé ou endommagé.
Ça signifie justement qu’il faut maintenant mesurer ce qui se passe réellement dans leur intestin plutôt que de le deviner à partir des bactéries présentes.
🍽️ ET SI NOTRE MICROBIOTE S’ADAPTAIT SIMPLEMENT À CE QU’ON LUI DONNE?
C’est probablement le message le plus intéressant de Hampton.
Imaginez votre microbiote comme un restaurant.
Pendant trois ans, vous lui donnez :
🥩 viande
🥚 œufs
🧀 produits animaux
🧈 gras
Le restaurant finit par devenir extrêmement efficace pour servir ce menu.
Il engage les bons cuisiniers.
Il achète le bon équipement.
Il organise toute sa cuisine en fonction de ce qu’il reçoit tous les jours.
Puis un soir, vous reculez un camion rempli :
🥦 de brocoli
🧅 d’oignons
🍎 de pommes
🫘 de lentilles
…et vous dites :
« Faites-moi ça immédiatement! »
Le restaurant n’est pas nécessairement brisé.
Il était simplement organisé pour un autre menu.
Et on sait déjà que cette adaptation du microbiote peut commencer extrêmement rapidement.
🔬 On l’avait déjà démontré dans Nature
Dans une étude humaine classique publiée dans Nature, des chercheurs ont donné aux participants une alimentation composée uniquement de produits animaux — viande, œufs et fromage — ou une alimentation entièrement végétale.
Le microbiote a commencé à changer en quelques JOURS.
Avec l’alimentation animale, les bactéries capables de vivre dans un environnement riche en bile ont augmenté.
Pourquoi la bile?
Parce que notre foie produit de la bile pour nous aider à digérer les gras.
Plus de gras alimentaire change donc l’environnement intestinal, ce qui favorise certaines bactéries et en défavorise d’autres.
Pendant ce temps, les bactéries spécialisées dans la dégradation des fibres et autres glucides complexes végétaux ont diminué.
Et l’activité des gènes bactériens a changé elle aussi.
https://www.nature.com/articles/nature12820?utm_source=chatgpt.com
En juin 2026, Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology est justement revenu sur cette étude pour souligner cette capacité étonnamment rapide du microbiote à s’adapter à un changement alimentaire.
https://www.nature.com/articles/s41575-026-01220-w?utm_source=chatgpt.com
Donc si notre microbiote peut commencer à changer en quelques jours…
qu’est-ce qui se passe après TROIS ANS?
C’est exactement ce que cette nouvelle étude commence à nous montrer.
🤔 EST-CE QUE ÇA EXPLIQUE POURQUOI CERTAINS CARNIVORES TOLÈRENT MAL LES VÉGÉTAUX QUAND ILS LES RÉINTRODUISENT?
Peut-être.
Mais l’étude ne l’a pas testé.
Et Hampton est très clair là-dessus.
Les chercheurs n’ont pas donné une grosse salade aux carnivores pour mesurer ensuite : leurs gaz, leur diarrhée, leurs douleurs ou leurs ballonnements.
Donc on ne peut pas affirmer :
« Après quelques années carnivore, on perd la capacité de digérer les plantes. »
On ne le sait pas.
Mais l’hypothèse est logique :
un microbiote nourri de la même façon pendant plusieurs années pourrait avoir besoin d’un certain temps pour se réadapter à un changement alimentaire brutal.
Il existe aussi une autre possibilité beaucoup plus simple.
🥩 LE CARNIVORE EST AUSSI UNE ÉNORME DIÈTE D’ÉLIMINATION
Quand quelqu’un passe carnivore, il retire d’un seul coup une quantité phénoménale de choses.
Il retire notamment les FODMAPs.
C’est quoi ça?
Ce sont certains petits glucides présents notamment dans les oignons, l’ail, les légumineuses, certains fruits et plusieurs autres aliments.
Ils fermentent facilement dans l’intestin et peuvent provoquer chez certaines personnes :
💨 beaucoup de gaz, des ballonnements, des douleurs ou de la diarrhée.
En mangeant carnivore, on retire pratiquement tous ces aliments.
On retire également beaucoup d’additifs alimentaires et plusieurs types de fibres fermentescibles.
Alors quelqu’un peut se sentir merveilleusement bien sur carnivore et réagir fortement lorsqu’il réintroduit un aliment…
simplement parce que cet aliment lui causait déjà un problème avant.
Ce n’est peut-être pas :
« Mon microbiote a oublié comment manger du brocoli. »
C’est peut-être :
« Le brocoli ne m’a jamais particulièrement aimé. » 😆
Et les deux phénomènes pourraient aussi exister en même temps.
💩 « MAIS SANS FIBRES, LES BACTÉRIES N’ONT PLUS RIEN À MANGER! »
Pas exactement.
Les fibres sont une source importante de nourriture pour plusieurs bactéries intestinales.
Mais elles ne constituent pas leur seule nourriture.
Certaines bactéries peuvent aussi utiliser des substances produites par notre propre intestin, notamment les sucres complexes présents dans le mucus qui protège la paroi intestinale.
C’est là qu’une inquiétude légitime apparaît.
Une étude publiée dans Cell en 2016 a montré que, chez des souris privées de fibres, certaines bactéries ont commencé à utiliser davantage cette couche protectrice de mucus comme nourriture.
À long terme, la couche devenait plus mince et les animaux devenaient plus vulnérables à une infection intestinale.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27863247/?utm_source=chatgpt.com
Mais retenez bien :
C’ÉTAIT CHEZ DES SOURIS.
La nouvelle étude sur les carnivores humains n’a pas mesuré l’épaisseur du mucus ni la perméabilité intestinale.
Donc on ne peut pas prendre une étude chez la souris et annoncer que les carnivores humains sont en train de manger leur propre intestin.
Mais c’est clairement quelque chose que les prochaines études devraient mesurer.
🧈 ET LE FAMEUX BUTYRATE?
On entend souvent :
« Sans fibres, vous ne produirez plus de butyrate! »
Le butyrate est une petite molécule fabriquée notamment lorsque certaines bactéries fermentent des fibres.
Les cellules qui tapissent notre côlon peuvent l’utiliser comme source d’énergie et il participe à plusieurs fonctions importantes de la barrière intestinale.
Donc oui :
les fibres constituent une source importante permettant à certaines bactéries de fabriquer du butyrate.
Une petite étude contrôlée publiée en 2011 chez 17 hommes obèses avait d’ailleurs montré qu’une alimentation très faible en glucides et en fibres diminuait fortement le butyrate retrouvé dans les selles après quatre semaines.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21389180/?utm_source=chatgpt.com
Mais voici ce qui est particulièrement intéressant dans l’étude carnivore de 2026 :
les chercheurs n’ont pas trouvé de différence importante dans les fonctions bactériennes PRÉDITES associées au métabolisme du butyrate.
Est-ce que ça prouve que les carnivores fabriquaient beaucoup de butyrate?
NON.
Ils n’ont tout simplement pas mesuré le butyrate.
Donc :
❌ « Carnivore = aucun butyrate » n’est pas démontré par cette étude.
❌ « Les carnivores produisent parfaitement assez de butyrate » n’est pas démontré non plus.
La vraie réponse est : ON NE LE SAIT PAS ENCORE.
Et c’est correct.
C’est justement pour ça qu’on fait de la recherche.
🧪 LE MICROBIOTE N’EST PAS UNE COLLECTION DE « BONNES » ET « MAUVAISES » BACTÉRIES
C’est peut-être la meilleure façon de simplifier toute cette histoire.
Notre microbiote est plutôt une petite usine chimique.
Ce que nous mangeons sélectionne certaines bactéries.
Ces bactéries transforment ensuite notre nourriture en différentes molécules.
Et ces molécules peuvent communiquer avec :
notre intestin, notre système immunitaire, notre foie et le reste de notre métabolisme.
Donc la bonne question n’est probablement pas :
« Combien de bactéries différentes avez-vous? »
Ni même :
« Mangez-vous suffisamment de fibres? »
La meilleure question devient :
QU’EST–CE QUE VOTRE MICROBIOTE FABRIQUE, ET QUEL EFFET CELA A–T–IL SUR VOUS?
Et ça, la petite étude de 2026 ne peut pas encore complètement nous le dire.
🎯 CE QUE CETTE ÉTUDE CHANGE QUAND MÊME
Elle ne démontre pas que le carnivore est parfait pour l’intestin.
Elle ne démontre pas non plus que les fibres sont inutiles.
Mais elle met un sérieux bémol à l’affirmation extrêmement simpliste :
« Zéro fibre = microbiote détruit. »
Après environ trois années d’alimentation carnivore, ces 10 personnes avaient encore un microbiote riche et diversifié selon les mesures utilisées.
Mais leur écosystème intestinal était devenu très différent de celui des omnivores.
Il semblait s’être adapté au type de nourriture qu’il recevait depuis des années.
Et ça nous amène à une question beaucoup plus intéressante que :
« Est–ce que carnivore détruit le microbiote? »
La question devient :
« À QUOI LE MICROBIOTE D’UNE PERSONNE CARNIVORE S’EST–IL ADAPTÉ? »
C’est exactement là que la recherche doit maintenant aller :
mesurer directement ce que ces bactéries produisent;
mesurer le butyrate;
mesurer la barrière intestinale;
observer ce qui arrive lorsqu’on réintroduit différents aliments;
et suivre ces personnes pendant plusieurs années.
Pour l’instant, une chose devient de plus en plus difficile à soutenir :
notre microbiote n’est pas une petite collection fragile qui doit conserver exactement la même composition toute notre vie.
C’est un écosystème vivant qui s’adapte constamment à ce qu’on lui donne.
Et après trois ans à nourrir un steakhouse…
il ne devrait peut-être pas être très surprenant d’y trouver beaucoup de cuisiniers spécialisés dans le steak. 🥩